東耳房一：清朝武器
軍隊除了官兵人員外，另有各種因地制宜的兵器配置，除傳統的冷兵器外，清朝研發火藥、炮車、鳥槍等熱兵器。
清朝武器
清朝官服
清金門總兵署特展
開放時間 上午10:00-晚間10:00
圖左：紅衣炮、神威無敵大將軍炮
圖右：武成永固大將軍炮、御製威遠將軍炮、子母炮
清朝軍隊所用裝備繁多，仍是「冷兵器」與「熱兵器」並用。八旗以「騎兵弓箭」為主，綠營以步兵輔之，本展區除了展示十八般武器外，也介紹清朝兵制種類以及明清時代從西方引進並且經過改良的各類炮車。
圖為清朝武器實品展示
東耳房二
金門暨總兵署歷史
由於清代總兵官與金門過往歷史及海上地理位置息息相關，相輔相成，本區從金門歴史及地理位置切入，說明歷代人口流動，官衙設置、總兵歷史及故事、清朝武職階序等。
東耳房二：清朝官服
總兵生活體驗區
藉由總兵署建築物及其規制，輔以家具及蠟像等重現總兵生活情境，使遊客能更加身歷其境。
內署右次間：特展空間
內署明間：總兵議事情境展示
內署左次間：書房情境展示
東室：五刑
大堂：主持審判情境展示
西室：大清律例
內宅左次間：清朝妝髮
內宅明間：總兵日常生活情境展示
內宅右次間：起居室情境展示
主題展示區
藉由總兵署建築物及其規制，輔以家具及蠟像等重現總兵生活情境，使遊客能更加身歷其境。
西科房三：水師提督與戰船
西將裨廳一：體感遊戲體驗空間
西將裨廳二：解說與放映空間
西耳房一：跟著總兵去旅行
西耳房二：誥命及奏摺古物展示
